而朱文正的好日子还没过多久，便迎来了一个他意想不到的强大敌人：陈友谅。当时，陈友谅为了出其不意的围剿朱元璋，就亲自率领60万水军，以及无数的巨舰，打算从洪都攻入朱元璋的老巢，直捣黄龙。而当时的朱元璋正在和东吴的张士诚交战，分身乏术，眼看就要被两股势力灭亡。
在这个危机时刻，朱文正一改往日的做法，立刻对召集了全城的守军，商量对抗之计。而当时，洪都的驻兵之有2万人，而陈友谅则是带着60万大军，这无疑是一场毫无胜算的战斗，几乎没有人会报希望。不过，也正是在这个时候，朱文正发挥出了他强大的军事才能，将每一名士兵都给调动了起来，充分做到了"资源的合理利用"，细致到每一个士兵该做什么，都给一一列举了出来。也正是因为如此，朱文正硬是抵挡了陈友谅足足3个月的时间，堪称一个奇迹！
在历史的记载上，洪都当时的战况非常惨烈，明明城墙都被轰塌了一个洞，朱文正却一边只会士兵战斗，一边命令工匠修补城墙。也就是说，在战斗进行的时候，一边是士兵的打斗，而另一边是工匠在砌墙，不得不佩服朱文正的胆子。而陈友谅在见此情形之后，不由感叹到："我若得此子，何愁天下大业不成！"可以见他对朱文正的评价是由多么高了。
