朱由校在位期间，纵容乳母客氏，重用客氏相好的宦官魏忠贤，任他二人胡作非为，在朝则陷害忠良，在后宫则荼毒妃嫔，而朱由校却不加规制。魏忠贤遍树党羽，排斥异己，尤其将东林党人视作眼中钉，必欲除尽。而熹宗丝毫不觉，连高官杨涟被害多日，都不知道他已死。熹宗酷爱做木工活，乐此不疲。魏忠贤始得肆意妄为。朝廷上正人君子殆尽，政治黑暗已极，大明江山岌岌可危，熹宗就是将这样一个烂摊子留给了继位的弟弟崇祯。弥留之时，还不忘叮嘱崇祯帝要重用魏忠贤，然而志在振兴的崇祯在三个月后就铲除了这个大害。
此外，他对自己的亲人可谓不错。由于他对张皇后的爱惜，使得权势滔天的魏忠贤以及客氏始终不能动摇皇后。临终之际，他毅然传位给弟弟朱由检，同时嘱咐朱由检善待张皇后，颇有情义。
