太医学的学习科目分成三科13 门。三科分别为：疡科、针科与方脉科，相当现在大学里的学院；三科之下设有二级专业：疡科下有书禁、伤折、金疮、疮肿四科；针科下设立针科、灸科、眼耳科、咽喉科、口齿科等五科；方脉科下设立风科、产科、大风脉科以及小风脉科等四科，这些科相当于今天医学院里的科系。
太医局不但传授医学理论知识，也教导这些未来的医官们遵守职业道德。宋徽宗专门对太医局学生进行了规定，这些学生在给人看病时，是不允许向病人收取诊金的，如有违反以偷盗论。即便是病人主动奉送的，也不允许收取。
学生们在太医学经过三年的学习，经考核合格者便可毕业。考核的内容包括理论知识和实践两大类，是对学生的综合运用能力的考核。学生通过考核毕业后，根据成绩和需要，或留在中央当御医，或在太医局以等医学教育机构传道授业，或到地方上担任医官。
