唐朝建立后，由于皇室家庭关系不和，李世民在京城玄武门发动政变，也就是历史上十分著名的玄武门之变。虽然李世民和秦琼关系甚好，想得到秦叔宝的支持，但秦叔宝是一个忠于君主的人，他心里明白，无论是太子李建成胜利还是李世民政变成功，都对时任皇帝的李渊不利，所以就保持中立的立场。太子李建成本也想拉拢秦叔宝，但无奈秦叔宝始终表示只效忠皇上，所以也只能作罢。
最终，玄武门之变以李世民的成功收场，所以在李世民登上皇位后，秦琼就对外宣称自己得了重疾，不能出门，更不能上朝觐见皇上。考虑到秦叔宝年事已高，新上任的皇帝李世民对此不疑有他。玄武门之变时李世民没能成功拉拢秦叔宝，但仍是十分厚待秦叔宝，亲自派遣皇宫里最好的御医到秦叔宝府上为他看病。御医在为秦叔宝看完病情后为他开了一副药方，并亲自煎好，足以看出皇上对秦叔宝的照顾程度。但没想到在太医离开秦府之后，秦叔宝立马将药倒掉。奇怪的是，即便没有服用任何药品，秦叔宝仍然健活到了贞观十二年才去世。
