到1259年贵由汗死后，蒙古帝国就分裂了。而最为显著的标志性事件就是，蒙哥死后，留守蒙古本土的阿里不哥成为最具备继位资格的人，但忽必烈却从征宋前线返回开平，在东方三王族也就是成吉思汗的三个弟弟的家族的支持下，在开平也自立为帝，并马上和阿里不哥开战。
阿里不哥和忽必烈的战争持续了一段时间之后逐步平息，察合台汗国逐步吞并了窝阔台汗国，伊尔汗国和金帐汗国都有意进攻察合台汗国。拔都死后，继承金帐汗国汗位的别儿哥就率军翻越高加索山，准备进攻伊尔汗国。也就是说，蒙古帝国的四大汗国之间进入了混战阶段。
按照法国蒙古史专家格鲁塞的观点，在分封四大汗国时，各自都有各自的任务。其中，术赤的金帐汗国的任务是征服欧洲，旭烈兀的伊尔汗国的任务是征服中东，察合台汗国的任务是征服印度，忽必烈的任务则是征服中国。但除了旭烈兀和忽必烈基本完成任务之外，剩下的两个汗国都忙于内战，未能完成自己的任务。
除了析产制之外，蒙古的汗位继承还有个很重要的特色，就是延续了蒙古国家形成之前的选汗大会制度，也就是蒙古人所说的忽里勒台大会。因为成吉思汗就是通过这种方式加冕称帝成为合汗的，所以后来也一直延续这个制度。
