秦琼这个人三观很正，之前已经说过了，他效忠的是皇帝或者说这个王朝本身，而不是哪一个人，只要这个人对国家好，提出来的政策是正确的，他就会忠诚于他。所以他选择用自己老了、拿不动兵器的名义拒绝参加玄武门之变。
在秦琼看来，李建成是长子，古代一直都是立嫡以长不以贤，他一方面属于李世民派系，另一方面觉得这次叛乱和自己的理念不同，所以他只好称病不出。李世民也明白他什么意思，并不强求他参加，但是在那之后，也渐渐疏远了他。
所以最后，哪怕李世民还是给秦琼在凌烟阁留下了一个位置，但是秦琼的地位却远远不如程咬金，哪怕秦琼的武功和成就都比程咬金要高。李世民上位之后，秦琼就渐渐淡出了权力中心，但是程咬金却连连立功，地位水涨船高。
