《尼布楚条约》能够顺利签订，主要是因为清朝和沙俄都自顾不暇，无力在远东地区进行一场战争，只能通过谈判的方式来解决领土的纠纷。因为沙俄和清朝都急于签订条约来避免战争，两国在条约中搁置了部分领土的争议问题，这些地区也成为了《尼布楚条约》的待议地区。清朝和沙俄的领土争议，可以追溯到明朝晚期，明朝晚期沙俄通过一系列的扩张，成为了一个地跨亚欧大陆的大帝国。
明朝灭亡的时候，沙俄趁着清朝军队南下入关，无暇顾及北方的领土，占领了黑龙江流域的部分地区，并且在雅克萨和尼布楚修建了要塞。清朝前期南方的明朝残余势力仍能十分强大，明朝降将组成的三藩势力也是清朝的巨大威胁，为了能够集中力量解决这些问题，康熙皇帝暂时搁置了沙俄入侵的问题。1681年康熙皇帝平定三藩叛乱，在解决完三藩问题的第二年，康熙皇帝立刻派遣大军巡视边关，警告沙俄侵略者离开。
沙俄侵略者依仗着武器精良，据守在雅克萨城中负隅顽抗，1685年康熙皇帝派遣大军攻占了雅克萨，取得了第一次雅克萨之战的胜利。然而在清军从雅克萨撤退后，沙俄军队再次卷土重来占领了雅克萨。1686年康熙皇帝命令清军发动第二次雅克萨之战，将沙俄军队包围在了雅克萨城内，在清军围城数月后，雅克萨城内的俄军只剩下60多人，清军攻占雅克萨只是时间的问题。
