康熙二十三年，施琅率舰队兵分三路向澎湖列岛发起总攻，其中五十六艘大型鸟船立下汗马功劳。不久之后，清军水师击毁郑氏舰队，郑克塽被迫降清。郑克塽投降后。一直困扰清廷几十年的海上威胁被解决，清廷没有了后顾之忧，便将造价不菲的鸟船全部拆除。从此，鸟船便消失在了清军水师的战斗序列中。
清王朝统治者自以为消灭了帝国的隐患，从此开始高枕无忧。而他们不知道的是，在此时的欧洲，西班牙、葡萄牙等国家正凭借坚船利炮，四处探索和发现新大陆。后来崛起的英国，更是凭借强大的海上舰队，组建了日不落帝国。而清朝负责造船的官员更是各个中饱私囊，雁过拔毛，导致鸦片战争时期，连一艘能打的战舰都没有。
