朱元璋震怒，把胡惟庸抓了起来，以擅权植党的罪名杀死了他。并要求彻查胡惟庸案，凡是跟胡惟庸有来往的，关系密切的官员全部抄家灭族。那个时候胡惟庸正处于一人之下万人之上的地位，有大批的官员在巴结他，其中还有很多开国元勋。在彻查的过程中，牵出大批的官员，前前后后共杀了三万人。且不说胡惟庸是否真要谋反，光杀死的这三万人中，大部分都是跟着朱元璋一起打天下的开国功臣。朱元璋急于除去那么多开国功臣，还不是因为怕这些人功劳太大不服管理，胡惟庸只是个引子，真正的目的是想借此屠杀功臣而已。
胡惟庸案过去两三年后，蓝玉案爆发。蓝玉早年跟随朱元璋南征北战，战功赫赫，被封为凉国公。明朝建立后，又带兵攻打蒙古人，把蒙古人彻底赶回了大草原，立下不朽战功，被朱元璋封为太子太傅。可是蓝玉非常不服气，对别人说我这么大的功劳封我做太师也不为过。这话传到了朱元璋耳朵里，朱元璋很不高兴，于是让当时的锦衣卫指挥蒋献彻查蓝玉。蓝玉收了很多义子，这些人平时飞扬跋扈，欺压百姓，出了事情蓝玉就帮他们撑腰。朝廷派御史来查他的义子，蓝玉居然敢驱逐御史，不让他查。蓝玉居功自傲，无法无天，很多人都看不惯，包括蒋献在内。经蒋献查实，蓝玉结党营私，想要谋反。朱元璋气急败坏，命蒋献把蓝玉抓了起来，严刑拷打，逼迫他承认谋反一事。蓝玉实在受不了蒋献的严刑拷问，承认了自己要谋反。于是朱元璋又让蒋献彻查蓝玉余党，一经查实和蓝玉有勾结或关系密切，全部处死。经蒋献查实，牵涉出与蓝玉有关系的官员众多，其中包括大量的开国功臣，全部被朱元璋处死了，涉及蓝党1.5万人。
至此，大明开国功臣已被朱元璋杀得差不多了，太子朱标曾劝诫朱元璋善待开国功臣，不要大开杀戒。朱元璋就在地上扔一根满是荆刺的藤条让朱标赤手捡起来，朱标疑惑不解，朱元璋又让人把荆刺刮掉对朱标说:"我是在帮你除刺，这些人以前都跟我平起平坐打天下的，连我都不服，到时候怎么会服你呢？"
洪武二十三年，胡惟庸案过去十年后，朱元璋又重翻旧案，判胡惟庸谋反。当时李善长的家奴卢仲谦举报李善长参与胡惟庸谋反案，朱元璋就以"交通谋反"罪处决了李善长一家七十几口人。李善长从一开始就是朱元璋的军师，对朱元璋忠心耿耿，怎么可能谋反？欲加之罪何患无辞，就因为他和胡惟庸是同乡，朱元璋才没有放过他。至此，朱元璋把那些开国功臣基本都杀完了，他才心安理得。让人编写了《逆臣录》，亲手写下讣告昭告天下"自今胡党、蓝党概赦不问"，杀戮才就此结束了。可怜那么多跟随朱元璋南征北战的开国元勋们帮他夺取了天下，到头来了没有得到好下场，虽然有些人确实居功自傲，做了一些违法的事，但绝对没有谋反之意，那些冤案说不定都是朱元璋一手策划的。
