这不，重新换了统帅的明军连续击败奢安叛军，1628 年 6 月，明朝战略准备完成，立刻调集了云、贵、湖、广、川 5 省军队向叛军发起反击，叛军大败，安邦彦与奢崇明被杀，其余叛军在安邦彦的侄子安位的带领下继续负隅顽抗。明军乘胜包围水西城，断绝其粮食供应，逼安位投降。水西被围 100 多天后粮尽。1630 年春，安位投降。至此，持续近 9 年的"奢安之乱"终于平定。
明朝对待在奢安败死后归附的叛军本着首恶必惩，胁从不问这一原则，安抚了人心。在此乱世之际，朱夑元深知国家已经无力彻底解决土司时代沿袭的特权，想出类似于汉代推恩之策，趁机多封土司，以达到分散其势力的目的！朱夑元平叛稳定了西南半壁的局势是毋庸置疑的，促进民族交流也是毋庸置疑的。他在平叛后，为各处土司划定了疆界，明确各地土司不得随意侵袭各自土地。这次叛乱也在某种程度上打开了闭塞的贵州与内地之间的交流。最重要的是，因为朱夑元将势力庞大的土司分裂疆土，众建土司，废除了奢安土司实行的一切不合理苛政，收买了老百姓的人心，直接导致了土司制度的衰落，为随后清朝雍正、乾隆年间施行的改土归流奠定了基础
