从明朝和蒙古的博弈来看，明朝前期主要以打击为主，中后期则以战略防御和平衡牵制为主。从明太祖朱元璋到明成祖朱棣，明朝多次出兵北伐北元，从而彻底瓦解了北元残余势力，一定程度确保了北部边疆稳定。而自仁宣年间开始战略收缩后，明朝则主要依靠九边重镇进行战略防御，同时通过"贡市"贸易平衡牵制蒙古各部。
清朝则有所不同，清朝由于崛起较晚，初期实力相对较弱，为了寻求入关的机会，同样也为了确保侧翼和后方的安全，在没有绝对利益冲突的情况下，清朝（后金）自然不必与蒙古轻启战端。更何况，清朝崛起时蒙古已经是四分五裂，可汗对于蒙古各部统治力有限，因此清朝主要采取的便是通过联姻拉拢蒙古部落，并对可汗势力进行打击的策略。
根源上的敌视和友好，再加上明朝和清朝不同的民族政策，以及蒙古诸部的现实情况，这是造成明朝和蒙古天然敌视，而清朝和蒙古则天然友好的主要原因。同时，由于库图克图汗之子最终投降，黄金家族彻底失去了对草原的统治，再加上秦朝的盟旗制度，蒙古各部再也无力恢复往日荣光。
原因之二：国力强弱不同，明朝没有必要采取和亲政策
正所谓"经济基础决定上层建筑"，国力强弱的不同，同样会影响到国家的对外政策，明朝由于国力一直较为强盛，因此并没有与蒙古和亲的必要，而清朝则恰恰相反。
