因为谈洋巡检司的事，朱元璋对刘基有了疑心，夺去了他的食禄。刘基吓坏了，赶快离开老家，赶到南京去，连连引咎自责。
朱元璋没有什么表态，也没有进一步的处罚。刘基不敢回老家去逍遥了，留在南京让朱元璋放心，同时也预防李善长、胡惟庸他们再陷害自己，可以随时加以申辩。
这期间，《实录》中只提到刘基一次，时间是洪武六年八月，御史大夫陈宁奉命祭奠孔子。胡惟庸、刘基和参政冯冕等人没有参加仪式，但事后都领取了一份祭品。
这是一直的惯例，但这一次朱元璋不知道怎么就知道了，批评说：刘基他们这些读书人真是不懂道理，这样怎么给别人做典范？
