因为这一系列功劳，薛祥在洪武八年时被朱元璋升任为工部尚书。当时正建造凤阳宫殿，建好之后，朱元璋来凤阳考察。他坐在大殿中，仿佛听到有人在殿脊上以兵器争斗。李善长于是顺势奏言，建造大殿的工匠正在实行厌镇法。厌镇法是一种诅咒杀人的巫术，而工匠是掌握这类巫术的人群之一。李善长是时时刻刻都在体现自己的地位。他这次奏言也没有具体针对任何人，就是单纯地为了立威信。结果大批的工匠倒霉了。以朱元璋的脾气，他最担心别人谋害自己，于是下令将所有参与此事的工匠都诛杀掉。薛祥无法改变结局，只能试着减少无辜伤亡。于是他把当时替班的工匠和瓦石匠摘了出来，坚持奏请朱元璋他们没有参与，数千人才得以存活。
后来营建谨身殿，有官员将中匠列为了上匠。朱元璋当时特别在意官员欺罔之事，一怒之下，要将相关官员诛杀。薛祥却力争不已。他说："奏对不实，就杀人，这与法律不合。"官员应该只是一时之误，却被朱元璋当作是欺君大罪，也算是无妄之灾。薛祥也不敢完全否认朱元璋的判罚，只得退而求其次，请求对他实行腐刑。腐刑就是宫刑。在他的多次争论下，朱元璋终于同意了他的建议。
南京明故宫遗址
后来，朱元璋改天下行省为承宣布政使司，命令薛祥管理北平。三年之内，他治理北平井井有条。考满之时，政绩位居第一。
