在孙可望请封时，高一功等忠贞营将领又卷入了封王纠葛，两大原来的农民军力量产生了隔阂。
不久，大西军出滇抗清，孔有德攻入广西。忠贞营单独作战，无法战胜孔有德，孙可望又没有威望号令他们，不愿降清的忠贞营将士只有带兵北上，去和在夔东的郝永忠、袁宗第等会和，形成被称为"夔东十三家"的抗清力量。
大西军和忠贞营之间，同样缺少一个合适的中间人，能在两头都说上话，让大家都给点面子。这个人，还是堵胤锡最胜任。
大顺军余部虽然在夔东坚持抗清，却再也没有过大规模主动出击，配合永历朝廷作战的战役，永历朝廷等于失去了这支重要力量。
孙可望逐渐掌握大权后，野心开始膨胀，与永历帝和李定国等人发生诸多摩擦，最终发生内斗。
