北京陷落，周奎及全家都被大顺政府捉拿，在妻子、媳妇被迫自缢、长子被打死、自己和次子、侄子被严刑拷打几乎丧命的时候，不得不交出三百万白银巨款和全部家产。因为钱财全部丧失，周奎被气得一命呜呼。这是第一种说法。
二、为了邀功，外公把太子外孙绑了送给清廷
第二种说法：周奎出卖自己的太子外孙，向清廷谄媚。
清兵占领北京后，一直隐匿于民间的太子朱慈烺才找到其外祖父周奎府上投靠。但周奎不念骨肉之情，却将太子献于清廷，清廷借口说太子是假冒的，杀死了太子。并且把证明太子不是假冒的15个人也全部杀死，而说太子是假冒的周奎等人都活了下来，周奎因此还得到清廷的特别嘉赏。"摄政和硕睿亲王，赏故明周后父嘉定侯周奎、缎百疋、银百两。"
其实无论这哪种说法是真的，都足以说明崇祯的国丈周奎确实不是个东西。明朝末年文臣中有义薄云天精忠报国的史可法， 也有逆天而为的郑成功、李定国，但更多的是这群毫无原则的贰臣。诸如钱谦益、孙之獬、吴三桂、周奎等人，他们终将被钉在历史的耻辱柱上，永远不可磨灭。
