可是朱棣对梅殷根本不可能放心，梅殷对朱棣说的话将朱棣气了个半死。史书记载为''留汝口为殿下言君臣大义。王为气沮。"可是梅殷驻守在淮安，是非常重要的地方，可是朱棣没有进攻淮安，而是直接进攻南京。
让人奇怪的是，最为托孤大臣，朱棣进攻南京的建文帝，可是梅殷没有对朱棣进行阻止。这一点已经成为了历史谜题，史书中没有记载原因。朱棣得到南京之后，逼迫宁国公主咬破手指给梅殷写了一份血书让他进京。
面对这样的血书，梅殷根本无法忍受。当时的建文帝朱允炆已经失踪了，梅殷这样前去南京，无疑于送死。可他依然去了。知道建文帝失踪后，梅殷说道：君亡与亡，君存与存，吾姑忍俟之。
朱棣这个人比较狠，比较像朱元璋，他自己的宝座还没坐稳，肯定容不下对他有威胁的人。没过多久梅殷就被朱棣给暗杀了，不过梅殷的死法非常惨，他被朱棣派去的杀手给淹死了。作为朱元璋最信任的女婿，梅殷的一生可以说很凄惨。
