东厂以岳飞为偶像，以"流芳百世"为目标，由于太监专权，导致东厂成为人人唾弃的特务机构，以遗臭万年著称于世。陷害忠良，欺压百姓做得比锦衣卫还绝，史籍记载 "京师亡命，诓财挟仇，视干事者为窟穴"，这也就是说，东厂干事成为流氓头子，"自京师至天下，旁午侦事，虽王府不免"，"冤死者相属"。杨涟、左光斗甚至包括锦衣卫的官员沈炼都是被东厂严刑拷打而死。
在明宪宗时期，皇帝不理朝政，权力交付亲信太监处理，太监在内斗中奏请明宪宗成立了西厂机构。电视剧《龙门飞甲》中对西厂就有着相当细致的描述。西厂除了传统的侦缉职责外，还监管锦衣卫和东厂，属于凌驾其上的内廷机构，嚣张气焰远超东厂，将整个成化年间整的是乌烟瘴气，妖孽横行，以至朝廷上出现"纸糊三阁老"、"泥塑六尚书"的称号，大臣们秉承太监意思办差！
到了明武宗时期，太监"八虎"专权用事，依靠正德皇帝的宠信胡作非为，争权夺势。当时八虎之一的马永成掌管东厂，谷大用掌管西厂。当时司礼监大太监刘瑾为了争权，设立内厂，自任厂公。内厂侦缉范围比锦衣卫、东厂和西厂三个特务机构还要大，除监察臣民外，锦衣卫、东厂和西厂也在监察之例，权势居东、西厂之上。在刘瑾掌权期间，特务遍天下，并创立重刑，令官吏军民谈虎色变，人们视宦官如虎狼。虽然内厂只存在了五年，但是为祸尤甚，明史记载："得颛刑杀，擅作威福，贼杀良"。
三厂一卫作为明朝特有的特务机构，是皇权高度集中后的弊病体现。权力在高度集中后，缺乏制衡，必会形成权力的向心力，所有资源向着权力靠拢，而获得权力的人在缺乏制约机制后，就会变得肆意妄为，最终对社会和国家造成重大灾祸。
