18岁那年与21岁的宋嘉树，在上海监理会新教堂举行了婚礼。当时采用西方婚礼的，没有大红花轿、没有三姑六婆的媒人，对于当时很多人来说，是一个大的挑战。婚后不久，倪桂珍就和丈夫一起回到了余姚老家，拜会了同乡的族邻。之后与丈夫离开上海，一边布道，一边经商，吃了不少的苦，也积累了不少的钱财。组建了第一所中国基督教青年会，成为第一个代办外国烟草、纺织、面粉机械的商人。
婚后两人生下三男三女，三个女儿都继承了母亲的美貌。倪桂珍和丈夫对于自己的子女一直寄予厚望，希望他们能唤醒国人，立志成为林肯、华盛顿式的人物。当时，为三个女儿取名都带有"琳"，有崇敬林肯之意。她在子女很小的时候，就开始培养他们为国服务的意识，经常从美国购买大量的幼儿读物，进行启蒙教育，认真督促他们学好中文、英文油画、弹钢琴等。对于这6个孩子，她从不溺爱，很早就把他们送入寄宿学校，之后还送到美国求学，三个女儿都毕业于威斯里安女子学校，非常的出色。
宋家的子女们从小就能够得到比较开明的教育，所以在婚姻问题上都是比较自由的。三个女儿分别嫁给了孔祥熙、孙中山、蒋介石这三个人。等到她的丈夫去世以后，便把所有的心思都放在了传教活动上。直到她听到自己的大儿子被刺的消息之后，过于激动导致血压升高，一下子就倒在了地上。当医生赶来的时候，她已经离开了人世，让人意外的是，宋子文并没有受伤，他的秘书却因他而亡。倪桂珍并不知道，才会因为这个消息受到刺激而去世，实在让人可惜。
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