尉迟恭很看不惯秦叔宝，就和他进行比斗，在那场交战中输给了秦叔宝，便开始团结大臣排斥秦叔宝。李世民也起了心思，不再重用秦叔宝，在杀死元吉的大战中，尉迟恭率先攻城将大权交给了李世民。李世民因此更加看好尉迟恭，加上尉迟恭的确很会在君王身边攀附权贵，地位变得更高了。而秦叔宝并不想过多参与其中，只想独善其身。他的这种清流之志并不适合生活在这种奢靡的官场之中，也不想参与王朝上的争斗，所以他的仕途就仅限于这了。
而且，秦叔宝在元吉的战争中并没有被人提及太多，历史上说可能是秦叔宝并没有参与到元吉的这场战争中，因为那时候秦叔宝和程咬金都在出征突厥中，唐代的长安是实行宵禁的，元吉的战争是在凌晨发生的，秦叔宝根本赶不回来，而且在封赏之中秦叔宝与程咬金只受到了700户的赏赐，是在封赏中比较低的份例了，更加证明了秦叔宝并没有参与这场重要的战争。
也有人说是因为秦叔宝不想加入他们互相残杀的战争中，秦叔宝是个重情重义的人，看到兄弟因为皇权而相残这种结果是他最不希望发生的，因此没有参与到元吉的战争中。不管是他有心不想参加还是无心的，就是因为这场战争，李世民将秦叔宝这个大英雄埋没了。
