在朝会上，李文忠开始向朱元璋上奏，当说到："叛臣贼子，定诛无宥，惟锻炼攀诬，滥杀无辜，人不自安，伤国元气"的时候，朱元璋立刻勃然大怒，并突然离开龙椅，走到李文忠面前，指着他怒斥道："你小子胆大包天，一派胡言，朕斩杀逆贼，与你何干？你小子要是不怕死，那我就成全你，看以后谁还敢来废话"。
紧接着，朱元璋便让侍卫将李文忠给关押了起来。
等到李文忠被朱元璋关押一事传到马皇后耳朵里后，马皇后泪流满面，苦苦为李文忠求情，终于说动了朱元璋，这才免了李文忠的死罪。但也正是从这个时候起，李文忠的仕途之路算是走到了尽头，朱元璋下令剥夺他的官职，并将其永久幽禁在家。
洪武十六年冬，李文忠患病不起，新年过后，其病情也仍不见好转，朱元璋于是就派太子朱标前去探望。第二天，朱元璋又亲自前去，并命令淮安侯华中督理太医进行诊治。
