此时，章惇的政治才能得到淋漓尽致的展现，他不但继续坚定的推行新法，还针对以前新法施行中存在的一系列问题，进行了修正。他所主持的新法不但革新了朝廷的诸多弊端，也使百姓从中获得了诸多利益。熙宁变法恢复之后，带来了一系列益处，在后世广受赞誉。甚至有学者认为新法的恢复，在一定程度上挽救了大宋的颓势，延缓了靖康之变的发生，可以说章惇对于宋朝是具有划时代意义的重要人物，其历史功绩不可否定。
对外强硬，加强军备，巩固边防。
在章惇主政时期，经过变法后的大宋朝，军事实力也得到了极大的提高。在对外方面，相较于司马光的一味割地赔款，章惇主张对外强硬，寸土不让。他与其在外领兵的堂弟章楶配合，吊打西夏几十年，玩得西夏人找不着北。而宋廷趁此积极收复失地，开疆拓土，并最终迫使西夏对宋称臣。
1099年，章惇还命大将王愍率军进攻吐蕃，吐蕃由此归顺宋廷。吐蕃的大部分领土也因此纳入了宋朝的版图。
