公元75年，汉章帝召回窦固，留下西域都护陈睦以及耿恭与关宠，带领两支屯垦部队驻守西域。窦固前脚刚走，匈奴后脚就来找事。当时耿恭的部队驻扎在天山北侧车师后国的金蒲城，关宠的部队驻扎在天山南侧车师前国的柳中城。左鹿蠡王率领两万名匈奴骑兵进攻车师后国。车师后王安得明白自己没有实力能抗得住匈奴的铁骑，但他依然组织了部队迎战匈奴，同时向耿恭率领的屯垦兵团发出求救信。耿恭的部队总共也就几百人，与两万匈奴骑兵相比无论如何也没有胜算，但他还是派出三百人前去支援安得，同时派军吏范羌单骑南下向朝廷求援。这三百援军还没到达前线就遭遇了匈奴大军，虽然奋力抵抗，但匈奴人数实在太多，最后全部牺牲。眼看援军被歼灭，匈奴调过头来火力全开进攻车师后王，很快车师后国被攻破，后王安得被斩杀。匈奴铁骑长驱直入，目标锁定耿恭驻军的金蒲城。耿恭带领剩下的几百士兵动员城内的百姓，加入保卫金蒲城的队伍中。但是，与匈奴的两万铁骑比起来这点人数显然是无法长久抵抗的，既然不能明争那就暗取。耿恭不知道从哪找来一种毒药，将其涂抹在箭镞上，这种毒药虽然不致命但会与皮肤发生严重的化学反应，伤口不仅剧痛而且会迅速溃烂。耿恭站在城墙上冲着匈奴人大喊:"汉家神箭威力无比，只要中箭必死无疑!"匈奴左鹿蠡王听了也不当回事，心想自己几万人，一对一开战够杀你好几轮了，几根箭能改变金蒲城被屠城的命运吗？不信邪的左鹿蠡王开始强攻金蒲城。
汉军虽然人数不多，但是武器很厉害，强弓劲弩的威力比匈奴的武器强太多，等匈奴大军进入射程范围后，耿恭下令数百张强弩同时发射。涂满毒药的箭雨飞向匈奴，"神箭"发挥作用，只要中箭受伤的，创口溃烂速度惊人而且具有强烈的视觉冲击力。左鹿蠡王大惊失色，急忙下令收兵。"神箭"给匈奴人带来了巨大的心理压力，受伤的士兵伤口不断恶化，疼痛让他们忍不住呻吟，夜幕降临给这幅诡异的场景更增加了些许恐怖感。倒霉的是，偏偏这时候开始下大雨，电闪雷鸣，耿恭看准时机率兵主动进攻，左鹿蠡王的内心震惊无比，他无法想象耿恭居然敢带着几百人出城打两万人。由于夜色的掩护，匈奴大军没摸清耿恭的实力，只觉得先是毒箭后是风雷大作，认为一定是老天爷在发出警告，于是在漆黑的夜幕中，左鹿蠡王怀着崩溃的心情下令撤军。耿恭与金蒲城暂时解围。之所以会出现这个转机，是因为匈奴有敬畏鬼神的习俗。当年匈奴人把苏武扔在贝加尔湖边放羊，不给食水，结果苏武竟然顽强的活了下来，这让匈奴人感到匪夷所思，认为苏武一定是有神明的保佑。眼下又是毒箭又是雷雨，这个心理打击实在太强烈。虽然匈奴人暂时离去，但是耿恭知道他们很快又会再次卷土重来，于是他决定换个位置，到疏勒城驻防，继续和匈奴死磕。疏勒城，今新疆奇台县以南六十公里处半截沟乡麻沟梁村石城子。疏勒城既不是唐代的疏勒军镇，也不是班超待的疏勒国，而是一座汉军修筑的小型要塞，依山傍水，地势险要，是兵法中最典型的"雄城"。
两个月以后，匈奴大单于亲自率铁骑围攻疏勒城，可是耿恭根本不按常理出牌，居然再一次带着几百人打开城门主动进攻。打完就跑，快马加鞭逃回城，留下一堆匈奴兵的尸体。这一战极大地鼓舞了守军的士气，不过这次主动出击也被匈奴人发现了底细，知道汉军人少势弱后，慢慢向疏勒城靠拢，开始向守军发动进攻。久攻不下之后，匈奴人想了一个坏主意，他们控制了流经疏勒城的小河，使水流改向，极端的沙漠气候加上当时正好是六月天，没有水只有死路一条。耿恭一面下令节约使用储存的淡水，一面在城内挖井。几天过去了，储存的淡水已经用完，可挖了三十多米深的井却依然没有半点出水的预兆。史书记载，当时"吏士渴乏，笮马粪汁而饮之"。士兵们渴得把马粪里的水分榨出来喝。绝望的耿恭来到井边，郑重地拜井："昔日贰师将军拔佩刀刺山，飞泉涌出，如今大汉强盛昌明，自有上苍保佑，难道会走投无路吗？"就在这个绝望的时刻，泉水忽然从地下喷涌而出，清凉的泉水带来了生机，也让将士们在心理上受到了鼓舞，但耿恭没有被惊喜冲昏了头脑，解渴之后立即下令用水和泥修补城墙，还故意让士兵们在城头接水洗澡。匈奴大军的内心再次受到打击，千辛万苦地断了河，竟然没有用，建在半山腰的疏勒城居然打出了井水，实在是天意。匈奴军无奈，再次撤退。耿恭的坚持是他再次取得胜利的关键，如今的围棋界还流传着"耿恭拜井"这一招。然而，这仍然不是最后的胜利。
