清乾隆五十八年,英国为了在中国市场上瓜分一碗羹汤和搜集相关有利于他们控制中国市场的情报。英政府假借两国学习互通的名义向清政府派遣了一支访华使队,历史上称之为马戛尔尼使团访问华事件。
可是,由于双方政治制度以及所需利益的冲突性,这场外交事件最后以失败收局。最终爆发了第二次鸦片战争,当时作为英军随行军医之一的马格里虽然是站在清朝的敌对面的。可是他的目标与那些想要侵占中国的英军不同,他只想像利玛窦,南怀仁等人一样,工作于中国宫廷。
《北京条约》签订以后,马格里并没有随着部队离开,而是加入了美国人控制的洋枪队,协助李鸿章带领的清军镇压太平天国反动势力。在镇压太平天国的行动中,马格里作为李鸿章的高级幕僚在背后出谋划策了不少。当时的太平天国,虽然是由没有经受过专门操练的农民起义军组成的一支政权。可是,它的杀伤力和抵抗力却不是清军可以轻而易举斩杀的。因此,清政府在镇压太平天国方面可没少吃亏。