东察合台汗国的大汗秃鲁黑登基后不久，便率军远征河中地区，当时西察合台汗国的汗位已经被突厥化蒙古部族操控，察合台的子孙成为了突厥化蒙古人的傀儡汗，秃鲁黑对河中的征服运动也为标志着同为成吉思汗后裔的察合台人和蒙兀儿近一个多世纪的内战正式爆发。
而秃鲁黑对河中的征服还唤醒了另一位"战争狂魔"的欲望，秃鲁黑攻陷撒马尔罕后，当时只有二十六岁的"瘸狼"帖木儿选择向蒙兀儿人效忠，可是蒙兀儿人却对这位出身突厥化蒙古巴鲁剌思部的年轻人极不信任，导致帖木儿开始带领察合台人反抗蒙兀儿的统治。
在帖木儿成为河中的统治者之后，他多次率领察合台人向蒙兀儿人发动战争，并且焚毁了东察合台汗国的国都阿力麻里，察合台人和蒙兀儿人之间的战争达到了高潮，可是凶悍的帖木儿一直没有彻底消灭蒙兀儿人的军事力量，在帖木儿去世之后，东察合台汗国的军队又开始活跃于中亚地区。
公元1472年，东察合台汗国的王子羽奴思汗在帖木儿后裔的支持下成为了东察合台汗国的大汗，察合台人和蒙兀儿人的关系开始逐渐正常化，并且开始相互通婚，可是不久后察合台人的帖木儿帝国在乌兹别克人的打击下灭亡，末代君主巴布尔前往印度建立了莫卧儿帝国。
参考资料：《草原帝国》《拉失德史》
