玄武门之后几乎再无作为
让秦琼在凌烟阁二十四功臣中排在末位的另一个主要原因就是，在唐朝的历史上留下浓墨重彩一笔的事件，即玄武门事变。李世民的崛起是从玄武门事变开始的，那些在玄武门事变中真正依附于李世民的臣子，才是李世民最看重的人，因为在这个关键时刻能够一直站在李世民身边的，才是他真正的亲信。
而作为有功之臣的秦琼，在事件发生之时又做出了怎样的反应呢？从新旧唐书中都可以看出，在玄武门事变之中，几乎看不到秦琼的身影。而且，根据在玄武门事变之后李世民所进行的封赏就可以看出，秦琼显然并没有参与此次事件。
左右为难让其选择置身事外
玄武门事变的重要性不言而喻，正是这一个事件的发生，才让李世民真正得到了皇位，李家的江山也是因为这个事件，走向了另一个无法预知的方向。秦琼之所以没有动作，也和这个事件的重要性密不可分，当时的秦琼并不依附于李世民而活，他所有的战功以及奖励都来自于李渊。因此，他忠心耿耿的对象其实只有李渊而已。
