最使他生气的当然是万贵妃，因为万贵妃极力的想害死他和他的母亲，但是在处理万贵妃一事上，他在面对这个凶狠毒辣之人，朝廷中的其他大臣都力挺他严惩万贵妃，但是他并没有像这样做，他认为这样就违背了先帝的遗愿，最终便对万贵妃网开一面。
朱祐樘在位期间，孝宗力行节俭，勤于政事，喜好任命忠诚正直的大臣，开辟了后世称赞的"弘治中兴"。朱祐樘体弱多病，但是他并没有为此而松懈政事，不仅每天都按时上早朝。除此之外，还重开了午朝和经筵侍讲，虚心向各位大臣询问意见，一起商讨事务。
在考虑到前朝灭亡的原因之后，他深刻了总结了前朝的灭亡经历，他认为前朝是由于宦官执政而导致国家灭亡，于是孝宗便严格要求，这也是在明朝时期难以见到的现象，因此在那个时候，朝廷中管理的体制还比较好。
朱佑樘并不贪恋女色，却在三十多岁的年纪体弱多病，很大的原因就是工作太劳累了，正因为朱祐樘性格十分的宽厚仁慈，但这也导致他有致命的弱点，那就是漂浮不定，没有大的主见，在朱祐樘刚登基之初，停止了一系列法事和炼丹项目，因此便笼络了人心。
