首先，作为一个农民起义政权--太平天国本来就有着它的先天局限性。靠着手中的一个由外来文化改变成的政教合一的方法来忽悠众人始终是不能长久的。对于拜上帝会这种具有宗教性质的组织，杨秀清个人在其中起到了至关重要的作用。
在1847年二月底，作为太平天国创始人之一的冯云山被官府抓走，洪秀全眼看形势不好，竟迅速逃回了广州老家。"拜上帝教"的教众们群龙无首，场面十分混乱。眼看就要散伙了关键时刻，杨秀清站了出来，通过当地迷信的降童巫术，谎称自己天父上帝附体，向会众传达天父旨意。大家看到天父降临，大受鼓舞，立马又凝聚成了一团。这次"跳大神"事件再后来又得到了洪秀全的默许，由此杨秀清具有代"天父传言"之权力，一跃成为了"拜上帝会"中仅次于洪秀全的二号人物，这也为后来太平天国内讧埋下了伏笔。
其次，杨秀清具有的代"天父传言"的权力，可以说在某种程度上已掌握了教权。在必要时候他就是上帝，在精神统治领域已经侵犯到了洪秀全作为天国精神领袖的权威。在这个政教合一的太平天国俨然就是一个主宰者，俗话说"一山不容二虎"，从《论洪秀全与杨秀清的关系》一文中亦可见杨秀清权势的日益增大，也对洪秀全的个人独尊造成了挑衅，于是在洪秀全眼中，杨秀清之死已是定局。而且在《太平天国兴亡》中可以发现杨秀清在天国内担任"左辅正军师"一职，在实行"军师负责制"的太平天国，他掌握了行政大权。
