李密在杀掉翟让后，取得了瓦岗军的绝对领导权，然而瓦岗军的军事实力也因此受到一定影响。隋炀帝杨广在扬州被宇文化及为首的禁卫军缢弑，杨广遇弑的消息传到洛阳，洛阳群臣拥立杨广之孙越王杨侗为帝，史称皇泰主。而越王侗最大的敌人，就是瓦岗军，两军之间的战斗不计其数，双方相持不下。
这场战争是隋末农民起义过程中最大的战争之一，这场大战本来可以不发生，这些禁卫军只想返回长安，对瓦岗军没有直接的威胁，但李密在多种因素作用下还是决定打这一仗。这场战争异常惨烈，杀敌一千自损八百，最后宇文化及虽然被打败，但瓦岗军也死伤惨重，战场上流血漂橹。这场战争使得瓦岗军实力大幅下降，成为它走向下坡路的分水岭。
当李密和宇文化及竭力拼杀之时，王世充趁机灭掉了异己，杀掉了主张与李密议和的大臣元文都等人，架空了皇太主，独揽洛阳隋廷朝政。李密得知王世充专权，拒绝入朝朝见，回到了瓦岗军的根据地。王世充在之前就与瓦岗军有过许多场较量，但皆被瓦岗军击败，于是王世充趁这次瓦岗军战后疲惫之机对瓦岗军发动进攻。
李密作为隋末的英雄豪杰之一，他的军事才能不能否认，他的对手王世充更曾夸赞他："李密天资明决，为龙为蛇，不可测也。"但多次的战斗胜利使得他自视甚高，在用人方面也不能够使人真正信服，在后面的几场大战中更是做出了不明智的抉择，使得瓦岗军在辉煌过后便走向了灭亡。
