再说他的儿子光绪帝因为戊戌变法失败，被慈禧太后软禁在瀛台，形同木偶。后来，光绪卧病在床，恰好慈禧也病了，光绪在日记写道老佛爷（慈禧）肯定会死在自己前面，如果这样，他一定会斩杀袁世凯和李莲英。结果，这些文字被李莲英知道后告诉了慈禧，慈禧听后十分生气，说自己一定不能死在光绪的前面。
随着光绪病情越来越重，由于光绪膝下也没有儿子，于是慈禧命人将奕譞的孙子，也就是光绪的弟弟载沣之子溥仪抱入宫中。光绪死后，慈禧令溥仪继承大统，也就是宣统帝，第二天，慈禧就去世了。
宣统帝溥仪即位后，将奕譞定称号曰皇帝本生祖考，使之享受到祭祀皇帝的礼仪。
