这一切都在伊琳娜的掌控中，她兴奋地看着儿子众叛亲离，静静地等待时机。公元797年，君士坦丁六世出兵阿拉伯，伊琳娜趁机发动部下起义，把他绑了，随后将他废黜，刺瞎他的双眼，把他关入修道院，然后自立为帝。
以伊琳娜的聪明才智，本可给国家带来新气象，但她把主要精力用在内斗上，玩脱了。
前几任皇帝坚持搞毁坏圣像运动，限制教会势力，伊琳娜却热衷于恢复圣像、保护修道院、为教士平反，还迫害参加毁坏圣像运动的人，于是有些支持毁坏圣像的军事将领被罢免，导致边境战场失利。但伊琳娜觉得能用钱解决的问题都不是问题，掏空国库，一味求和，拜占庭帝国因此失去了地中海附近的海上霸权，损失惨重。
伊琳娜称帝后，拜占庭没有男性君主。于是，教皇利奥三世为法兰克王国的查理曼大帝加冕，使其成为名义上的神圣罗马皇帝。意思大概是：我们教会根本就不承认伊琳娜，只承认查理曼大帝-这对拜占庭帝国来说是极大的侮辱。
