但盛极必衰，这是任何人和事都反抗不了的自然规律。清朝一步步走向衰落，清军在没有敌人威胁的情况下，也一步步的腐朽和松垮了起来。1851年，太平天国突然出现，掀起了抗议风潮，他们自立为王，建立新的规定，然后逐渐北上，逼近皇宫。清朝派兵镇压，却没有起到多大作用，清兵的攻和守就像是没有力量一样，轻易就被太平军给打败，风水轮流转，现在太平军攻打他们就像当初他们攻打明军时一样的轻松。接连而来的战败终于让朝廷看到了清军表面强大，内里腐朽的事实，他们开始重视了。
咸丰帝意识到了这支军队需要一个强有力的领导，能够重新带领清军走向辉煌的领导，于是他下放了军权，将管理军队的任务交给了将领。正因这一个决定，曾国藩创建的湘军和李鸿章创立的淮军横空出世，太平天国最后也被成功镇压。
1866年，由于对外战斗的连连败退，清政府开始训练新军，由汉人主持，现在，清军的总数在各方军队整合下已经有了百万。然而，有一个无能政府的领导，即便军队庞大，战力也不算弱，最后依旧走向了失败，旧军如八旗绿营直接溃败，其他军队则是倒戈被收入军阀手中。晚清就此覆灭，清军也好像就此消失。
但其实，还有一支清军隐藏在九龙城寨中，他们与当地人结合生下后人，按照以前的制度生活，直到1987年了，男子仍然可以纳妾。1993年，九龙城寨被拆毁，这里的清军后人融入到其他地方，清军彻底消失了。
