南明建立之后，刘孔昭首当其冲的带领军队，通货水路北上去攻打清朝，但是屡战屡败。但是刘孔昭没有放弃，仍然坚持。可再大的国家都抵不过朝廷的内乱，更何况是南明这样一个小小的国家呢。南明建立之后，那些从北京逃来的大臣贵族们便都辅佐福王，但是这样一个小国，都由一些无才无能的贵族来商量国事，内部矛盾就变得非常尖锐。以至于清军一打到南边，南明朝廷就立马崩塌。
而刘孔昭并没有放弃，他又带着南明的一些人南下，然后投靠了有名的抗清英雄张名振一起，又和清朝进行了几场大战，但都没有成功。最后无奈又向南投靠，鲁王等人，都没有战胜过清朝，最后只好乘船从海上逃跑，最后隐姓埋名。
刘孔昭因为这一做法被称明朝后期最聪明的人，因为他没有像其他贵族一般投降清军，而是拼尽自己的全部能力，为自己博得了一个好名声，最后也在战争中全身而退，实属是一个智慧的决定。
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