而曹睿的继任者曹芳则不然。时值大将军曹爽当权，对内独掌朝纲，对外穷兵黩武。对于曹爽的行为，钟毓非常不满，经常上书劝谏，结果遭到曹爽的打击报复，最终被贬为魏郡太守，远离京城。
钟毓再度成为曹魏帝国的重臣，还是高平陵事件之后。司马懿诛杀曹爽，成了曹魏帝国的实际控制者。他亲自下令将钟毓由魏郡调至京城担任御史中丞、侍中等职，故此，钟毓又成了司马氏的心腹之一。其后的七年间，先后担任过尚书、青州刺史、后将军等职、都督徐州军事、都督荆州军事等职，成了司马氏的封疆大吏。
钟毓这一生所做的最有预见性的事情，便是很早就看出了弟弟钟会的政治野心。对此他非常担忧，曾经私下对司马昭说了九个字："会挟术难保，不可专任"。司马昭听完后哈哈大笑，并做出一个承诺，表示如果钟会真的像钟毓所预料的那样生乱的话，自己只追究钟会，不牵连钟毓这个哥哥。
曹魏景元四年（公元263年），钟毓病逝。第二年年初，钟会果然在益州因叛乱被杀，依律当诛灭三族。司马昭信守诺言，特赦了钟毓的两个儿子，才使得钟家的香火得以延续。
