当时，朱棣领导的燕王军队进京，在混战中，南京城内的皇宫大院起火了。浩浩大军兵临城下，朱允炆的妻子马氏不知所措自杀殉国，葬身于火海。而宫中还有朱允炆两岁的二儿子，朱棣并没有杀害他，而是将他软禁。这一软禁就是活生生的55年之久，最后还是明英宗朱祁镇释放出来。然而这大半生的幽禁生活已经让他与世隔绝太久，后来抑郁而死，下场也是悲惨。
皇宫起火 场景
朱棣成功登上皇位之后，对建文帝身边那些大臣大开杀戒处以酷刑，有的被剥皮，有的放进油锅，还有的被割掉器官。种种酷刑，不一而足。而这些臣子的女眷则到教坊司当官妓，不得赦免。手段堪比朱元璋晚年对待开国功臣，有过之无不及，不愧是朱元璋的亲生儿子，连做事的手段都遗传到了。这一时期，齐泰、黄子澄、方孝孺等名士都没有逃脱被杀害的命运，其中受方孝孺牵连而死的人数达到873人，充军等罪者更是千余人。
