1894年10月28日，慈禧太后以珍妃忤逆自己以及穿着浮华为由，赏了珍妃一顿板子——脱光了衣服实施杖刑。这在清朝是极其罕见的，珍妃的姐姐瑾妃也受牵连被降为贵人，其手下的太监高万枝被处死，其他数十个太监，或被充军，或被秘密处死。
1898年6-9月，光绪皇帝在康、梁的大力支持下进行维新变法，这就是「戊戌变法」。九月底，即遭到慈禧太后的反击，戊戌六君子慷慨赴义，康有为仓皇出逃，而光绪则被慈禧囚禁在中南海的瀛台。两年后，庚子事变爆发，八国联军进攻北京，慈禧太后带着光绪帝仓皇西逃，美其名为「西狩」，临行前特地交代太监照顾好珍妃。
这太监便邀请珍妃到慈宁宫后贞顺门的井中观看奇景，珍妃欣然前往，太监趁机将其推入井中溺亡，珍妃死时才24岁。光绪一生钟爱的女人撒手人寰，自己日后返京依然被囚禁，精神上有巨大的压力和负担，更没有心思生育龙种了。在被囚禁期间，慈禧也曾经让侄女隆裕照顾光绪帝，但这两个人终究没有发生真正的男欢女爱。
光绪一生没有生育的另一个原因就是他的身体。光绪帝从小身体羸弱，其生母不会照顾小光绪，导致他幼年时常常营养不良、身子虚。成年之后，光绪长期患遗精病，他曾经这样写道：遗精之病将二十年，前数年每月必发十数次，近数年每月不过二三次，且有无梦不举即自遗泄之时，冬天较甚。一方面身体不行，另一方面来自慈禧太后一再打压造成的精神压力，导致光绪皇帝即使拥有钟爱的珍妃也无法生育。
