崇祯六年，公元1633年，由于小冰河时期导致山西数年干旱产生鼠疫，到崇祯十四年，迅速蔓延大明北部各省。
据资料记载，从崇祯14年始，大名府瘟疫大行，人死十之五六，岁大凶。广平府大饥疫，人相食。京师大疫，天津大疫。河南全省大疫，开封府阳武县死者十九，灭绝者无数。荣阳，民死不隔户，三月路无人行。山东青州，济南，德州，泰安相继发生大疫。安徽大疫，青蝇大如枣，凤阳府，安庆府，庐州府相继被瘟疫攻陷，死者最多的地方死亡人口达到90%，于是庐州府，就是现在的合肥一带，民有绝户，繁华大街如同静夜，无人行走。
到崇祯十七年，朱由检自缢于煤山（君王死社稷），后李自成入京与满清入关，京师人口从二百余万锐减至三十万人。京军三大营的军队因为鼠疫死亡过多，正所谓"大疫军死者众"，而京军的2.7万匹战马，也只有1千匹可以骑乘，京军已彻底失去野战能力。北京内外城墙15.4万个垛口，只能由5万名羸弱士兵据守，这些大疫之下，侥幸存活下来的士兵们"衣装狼狈，等于乞儿"。因此农民军轻松攻入北京！
