崇祯二年十月，后金大汗皇太极亲率大军绕过袁崇焕防区入侵明朝，
"己巳之变"
爆发，在这个过程中，袁崇焕应对失利，先是敌情判断错误，葬送了赵率教所部，然后当清军杀到北京城下时，他才赶到，并要求率兵入城，在他被崇祯下狱后，又发生了祖大寿抗旨不尊的事件。
清军的入侵加上袁崇焕的应对失误给了东林党的政敌，浙、楚、齐等其余政治党派机会，在清军依旧还在河北大地肆虐时，他们就开始联合起来对东林党发难，内阁加辽东的位置，好大一块蛋糕。崇祯二年十二月袁崇焕下狱，崇祯三年八月被处死，这八个月时间，就是东林党和其余党派的斗争时间，从历史结果看，东林党失败了。
