太和二年正月，刚解决完孟达，诸葛亮北伐。魏国的天水，南安，安定三郡火速沦陷，曹叡一度亲征长安。若不是张郃街亭之战的胜利和郝昭成功防守住诸葛亮的偷袭，魏国西境很难稳定。太和二年六月曹休石亭之战，让曹叡倍感无力。
太和三年，曹叡的儿子病逝，面对自己无子嗣的情况，曹叡又在制定以后国无储君时的具体政策。十月，曹叡面对多年极具争论的国内刑法，表示出相当大的重视程度。
太和四年，曹叡将主要矛盾认定为经学。他在二月提出，自从战乱以来经学几乎被人们抛弃。曹叡指出，要加强教育，促进官员德行。曹叡强调，凡是官员必须要精通至少一部经书。凡是经国家考试的人才，要择优录取。曹叡最后下达行政命令，要求官员仍要以务实为主，凡是浮华不务正道的官员，都要将其罢官（这次罢官行动打压了未来曹爽大部分幕僚，包括自己的"叔叔"兼姑父的何晏）。
太和五年三月，曹真薨逝，诸葛亮借机再次北伐，一直僵持到七月，诸葛亮才退兵，著名的诸葛亮和司马懿的"麦子之争"就发生在这里。此时的曹叡，已经有能力在洛阳运筹帷幄遥控远程司马懿军事行动的能力了。同月，曹叡又喜得贵子，为此曹叡大赦天下。而在此，曹叡也一直在琢磨曹植曾经给他写的一封信。
