李莲英的家人不是说他是病死的吗?为何棺内只剩下了一个头颅了呢?对此，有人怀疑是他的仇家谋杀了他，但没有合理的证据证明这个观点。不过后来，李莲英的孙女曾现身给出解释，说李莲英是在去讨债的路上被人砍了脑袋。对此，人们又推测，李莲英或许是去探望自己的亲人，顺道去讨债，但在路上遇到了自己的仇家，被仇家砍掉了脑袋。而随行的仆人用衣服包住了李莲英的头颅，将其带回了北京。
不过，这种说法至今都没有得到史学界的公认。至今为止，李莲英身首异处的死因依旧是一个未解之谜。不过，在李莲英的墓地被挖掘开后，其陪葬物品被上交，他的头颅则被随意的丢弃了。至于被丢到了哪里，已经无从知晓了。
