因为文廷式、志锐上奏求立珍废隆，反垂帘听政，撑光绪自主理政。慈禧气愤，便以交通宫闱，扰乱朝纲的罪名，让珍妃受到了褫衣廷杖与降位贵人的惩罚，其实惩罚珍妃的慈禧更是为了警告光绪帝不许有不同意见，必须听从她的安排。因这次挨打，珍妃患了严重的身体疾病。光绪帝因杖责过慈禧宠臣李莲英，慈禧便把珍妃也杖责了一顿，给光绪颜色看。
维新变法失败后，珍妃再次被施以褫衣廷杖，并幽闭于钟粹宫后的北三所。北三所最西边的房是她的住所，整日反锁着门，吃饭洗脸都是从窗户递进来的，吃的都是下人的饭菜，也不许与人说话，逢年过节或每月初一、十五，别人高兴庆祝，她便再里面听太监斥责她的过错，完了后还要谢恩。最惨的是，她每天只能上一次厕所。
八国联军快要打入京城时，慈禧带着光绪与众人打算逃跑，她突然想起以前的事，她跑到珍妃的牢院里，以"珍妃年轻貌美，必遭洋人侮辱，愧对列祖列宗"的名义赐死珍妃，命珍妃自尽，珍妃不肯死，说出了这几句："我罪不该死"、"皇上没让我死"、"你们爱逃跑不逃跑，但皇帝不应该跑"！慈禧大怒，便命手下将珍妃强行推入井中，时年仅25。后来的慈禧想以"贞烈殉节"来掩盖世人的嘴巴，命珍妃家人把珍妃从井里捞出来安葬，实际上就只草草埋在了外面。
