侦缉廷杖
是锦衣卫区别于其他各朝禁卫军的特殊之处，负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南、北镇抚司，其中北镇抚司是洪武十五年添设，专理皇帝钦定案件。成化元年，增铸北镇抚司印信，一切刑狱不必关白本卫。北镇抚司拥有自己的诏狱，可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。 南、北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。
廷杖就是把触怒皇帝的大臣拖出午门杖打。负责行刑的就是锦衣卫校尉，监刑的是司礼监太监。受杖官员被扒掉官服，用草绳捆绑，趴在地上，受杖80棍，行刑校尉每5棍一换，共用16人。行刑校尉以司礼监太监的表情动作为下杖轻重的依据：若太监两脚成外八字张开，受刑之人尚能留下一条性命；
对外情报
搜集军事情报一直是锦衣卫的职能之一，有幸的是，在《明实录》中看到不少相关记载，其中主要是搜集瓦剌方面情报。不仅是小旗，中高层军官也会被派出境外搜集情报，命令锦衣卫，侦察地形，搜集情报。"反情报"，也一直是锦衣卫的重要职能。情报与反情报，锦衣卫既然担负搜集情报的任务，同样也担负反间的职责。无论是在军队，还是在地方，如果发现藏匿的奸细和危险分子，锦衣卫都有侦察抓捕的权力。
