在其他方面，曾国藩做的十分优秀，可是在屠城这一方面，曾国藩是永远无法抹去的污点。根据史料记载，曾国藩至少组织湘军进行了三次屠城，第一次是在咸丰八年、第二次是在咸丰十一年、第三次同治三年。
同治三年五月，曾国藩打胜仗，湘军在曾国荃的率领下，终于攻下南京。进入南京城之后的曾国藩下令屠城，一时间满城的百姓都被血洗，根本没有一点人情味。就是在这次屠城之中，曾国藩被人评价为曾剃头。
曾国藩的湘军打太平天国打了十几年，死伤无数，在攻下南京之后，曾国藩的湘军就肆无忌惮了。一方面他的湘军没有军饷，只能靠抢劫百姓财物，其次湘军的军纪几乎是没有的，士兵都非常的散漫。
