许遵不服气，又上奏陈述阿云主动供认犯罪事实，就应该按自首论处，而恰巧神宗在熙宁元年曾签发一道诏令："谋杀已伤，按问欲举，自首，从谋杀减二等论。"许遵以此为据，认为阿云应该减二等处罚，免去死罪。
案子被交到刑部，判处结果和审刑院、大理寺一样，依然是死刑。这时，许遵已被提拔到大理寺，他再次反驳刑部的判决，认为应该把阿云从轻发落，随即被御史台谏官弹劾枉法；许遵又请求皇帝把案件发给翰林学士们讨论，至此，王安石和司马光开始介入本案。
了解案情后的王安石、司马光并没有达成共识，反而得出相反的结论，王安石支持许遵，认为应该按神宗的敕令来量刑；司马光则支持刑部，认为应该按律令来定罪；朝廷也分成两派支持律、敕，争论不休。
王安石认为律令量刑过重，应该给罪人改过自新的机会，按照敕令，自首就能减刑，这样就可以鼓励更多罪人选择自首。
司马光认为罪犯谋杀人，让受害者已经受伤，罪犯就不能适用自首减刑的条例，再说，如果罪犯自首就减刑，那其他罪犯杀人后也跑去自首好了，反正可以减刑活命，这不是为罪人开自新之路，而是助长罪犯的杀人气焰，让小人得志好人受苦。
