崇祯二年七月，袁崇焕在皮岛用尚方宝剑斩杀了同样拥有尚方宝剑的东江总兵毛文龙。当时袁崇焕曾向皇帝请旨："臣今诛文龙以肃军，诸将中有若文龙者，悉诛。臣不能成功，皇上亦以诛文龙者诛臣。"崇祯帝闻之大骇，但也只得优旨褒答，并下诏宣谕毛文龙罪状。
袁崇焕督师，持尚方剑的权力，是"副将以下就地正法，总兵官革职听勘。"他明知"文龙大将，非臣得擅诛"，却大胆而自负地杀了毛文龙，其后果是严重的。它一方面引起了崇祯帝和朝臣对袁崇焕的疑虑，为其后来的悲剧命运埋下了伏笔，另一方面也使毛文龙所建立的东江部队开始瓦解，失去了牵制后金的战略作用。
三， 在朝廷三令五申明令禁止的情况下，擅自开米市卖米(据说是为了买马)。
崇祯二年春，蒙古喀喇沁部发生大饥荒，请求袁崇焕通市。袁即上奏要开马市售粮给蒙古。此时朝中已经知道喀喇沁等部投金，崇祯帝警告袁崇焕："据报西夷市买货物，明是接应东夷，藉寇资盗，岂容听许?"而袁崇焕则不以为然，上疏抗辩，为蒙古求情，最后迫使朝廷同意对蒙古开市粜米。结果满清恰逢荒年，这袁大人卖的米，恰好成了满清绕道蒙古进攻北京一路上的军粮。
袁崇焕之死，不是因为清人编造的皇太极设的反间计，而是因欺君失职而被杀。按照明律，敌军入境不能堵截，攻城不能入保，要按律逮治。所以袁崇焕被杀并不冤。
