第二，袁崇焕和毛文龙是抗击后金的两大支柱，虽然袁崇焕在名义上是毛文龙的上司，但却不能掌控毛文龙，毛文龙根本不听袁崇焕的指挥，甚至不把袁崇焕放在眼里，这是自负的袁崇焕所不能接受的。由此一来，双方的矛盾就产生了。久而久之，袁崇焕就产生了杀心。此外，毛文龙主张从海上围困后金，而袁崇焕主张从陆上围困后金，两人的平辽计划可以说严重冲突。杀了毛文龙不仅可以除掉这个不听指挥、与自己抢功的心腹大患，而且可以吞并他的兵马和地盘，同时还可以和朝廷多要军饷。为了争夺有限的资源和平辽主动权，袁崇焕杀毛文龙并不奇怪。
第三，袁崇焕夸下海口要"五年平辽"，但五年复辽的许诺，就像紧箍咒一样束缚着袁崇焕。既然不能武力复辽，袁崇焕就想到了与后金议和。一旦大明与后金议和成功，五年复辽的紧箍咒也就自动松解了。议和的最大障碍，便是东江镇毛文龙势力的存在。因为毛文龙是后金的心病，所以后金想借袁崇焕的手除掉毛文龙。袁崇焕想议和，没办法，只能铤而走险答应后金的条件，找了个借口矫诏把毛文龙杀了。袁崇焕为了自己的一己私利杀了毛文龙，结果坑苦了大明。袁崇焕替后金把毛文龙这根钉子给拔了，辽东的局势从此一发不可收拾。
第四，毛文龙曾开创了军事重镇东江镇，在与后金的战争中颇有战功，但为人骄恣，做事多浮夸，索饷过多，深为袁崇焕及朝廷所忌。虽然毛文龙对后金牵制作用很大，但他割据一方，不听号令，而且干着非法走私等勾当，尤其是毛文龙垄断了渤海一带的海上贸易，触动了很多权贵们的利益，所以很多人都支持袁崇焕干掉毛文龙。袁崇焕认为毛文龙早晚都是祸患，又有人给他撑腰，所以就起了杀心。在京城期间，钱龙锡和袁崇焕谈论辽东时局，问及如何处理和毛文龙的关系，袁崇焕脱口而出：可用则用之，不可用则杀之。由此可见，袁崇焕早就盯上了毛文龙，桀骜不驯的毛文龙被杀并不奇怪。不过袁崇焕矫诏擅自杀害手握重兵的大将，于情于理于法都说不过去，袁崇焕可以说自掘坟墓。而袁崇焕杀害毛文龙后，更是造成了非常严重的后果，导致辽东局势急剧恶化，加快了大明朝的灭亡步伐。如果毛文龙不死，大明或许还能多撑一段时间。
参考资料：《明末辽东军将毛文龙功过研究》、《论毛文龙的历史地位》、《毛文龙演义》
