经过"吕留良案"后，雍正对岳钟琪等手握重兵之汉将有所防备，也想方设法削弱他们的权力。岳钟琪虽然为官谨慎，做人低调，但还是被雍正抓住了把柄，而后下狱。1729年，雍正决定用兵西北，征讨准噶尔汗国，给噶尔丹策零一点教训，让其不再犯边。为此，雍正分两路出兵，大将傅尔丹率满洲、蒙古八旗三万余人屯驻科布多，为北路军；岳钟琪率绿营兵四万，屯驻巴里坤，为西路。两军约定时间共同进攻伊犁河，直捣噶尔丹策零大营。可惜，岳钟琪大军丢失科舍图马厂后便按兵不动，没能牵制住准噶尔军主力，致使傅尔丹大军在和通泊之战中几乎被全歼，雍正只好与蒙古议和。为此，雍正大为恼火，逮捕岳钟琪，交兵部拘禁候议。雍正十二年（1734年），兵部的判决下来，是"斩决"，雍正念其功勋卓著，于是改为"斩监候"，并罚银70万两。
乾隆二年（1737年），岳钟琪被释放，而后告老还乡。1748年，西南爆发大小金川之乱，清军屡战屡败，前线统帅张广泗束手无策。为此，乾隆又想到了老将岳钟琪，于是让他复出带兵作战。岳钟琪此战以招抚为主，绞杀为辅，并亲率13骑往叛军首领莎罗奔大营招降，一举解决问题。至于他为何只带13骑就敢前往敌军大营，而不害怕对方反悔，将其活捉，是因莎罗奔是他老部下，曾追随他一起入藏作战，算是老相识。乾隆十九年（1754），岳钟琪平定陈昆之乱，在班师回朝途中，因病情恶化，溘然长逝。乾隆皇帝赐他"襄勤"谥号，在他的怀旧诗里，把岳钟琪列为五功臣之一，并称之为"三朝武臣巨擘"。
