经过三年的靖难之战，燕王朱棣攻占了南京，在位仅仅四年的建文帝朱允炆，被他的四叔用武力赶下台，而下台后的建文帝下落不明，从而成了我国历史上的千古疑案，后世对于建文帝的下落众说纷纭。经过总结主要有以下几种说法。
第一种说法，自焚说。
这种说法是最早被记入正史中的，根据永乐年间《太宗实录》和《明史稿》中的记载，建文帝继位以后，采用了朝中重臣的建议，定策削藩。燕王朱棣听闻以后，打看清君侧的旗号，起兵南下，发起"靖难之役"。短短三年时间里，燕王朱棣便攻破南京城，兵临金川门，建文帝试图求和但遭到燕王朱棣的拒绝，只好死守。但是这时候他的主帅李景隆却打开了金川门迎接朱棣大军进城，文武百官纷纷投降。建文帝见大势已去，只得下令焚烧宫殿，并带看马皇后跳入火中自焚，其他妃殡和侍从们也大都跳入火中而死。朱棣入宫以后，四处查找建文帝的下落。宫中的太监和宫女们都纷纷表示建文帝已经自焚而死，并且从火堆中找出一具烧焦的尸体来证明。朱棣见尸体已被烧得面目全非，分不清楚男女，并且惨不忍睹。朱棣继位以后，只得按照天子的礼仪安葬了建文帝。《明史.成祖本纪》和(明史.方孝孺传》等古籍中都纷纷支持这一说法。
但是，后世也有人对这一说法持怀疑态度。他们认为建文帝并未葬身火海。主要依据就是《明史》中的相关记载。根据《明史.恭阂帝本纪》中的记载，建文帝的死亡记载如下:"都城陷，宫中起火，帝不知所终，燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日王申葬之。"对于这段记载，后世人们不禁疑窦丛生。既然是"不知所终"，又是如何认定被烧得面目全非的尸体就是建文帝呢?而且既然已经发现了建文帝的尸首，为何又要说"不知所终"呢?如此自相矛盾的说法岂不让人怀疑吗?根据康熙年间补纂的《明史本纪》中的记载，明确说出了当时根本就没有找到建文帝的尸体。
