此后十多年，吴长庆一直在海防一线，多次在沿海和外国势力打交道，直到1882年直接被派往朝鲜。1882年7月，朝鲜兵变，士兵们围攻王工和日本使馆，杀死数个日本人，朝鲜政府将此时通报清政府。吴长庆被派往朝鲜，协助平定叛乱，朝鲜很快转危为安，吴长庆作为清朝的官员，有力的维护了中朝传统的封建宗藩关系， 清廷赏给他三等轻车都尉（比他从他爹那继续的爵位高）。
作为吴长庆长官的李鸿章并没有朝鲜兵变中吸取教训，继续将朝鲜推入半殖民化的境地中，吴长庆认为李鸿章的做法根根本不能从根本上解决问题，于是给李鸿章提意见，李鸿章没有接受还对吴长庆很有意见。吴长庆想要长期留在朝鲜，李鸿章不愿意，于是找了各种理由要求吴长庆回国。
1884年，在李鸿章的运作下，吴长庆带着三个营的庆军回国，另外三营庆军留在了朝鲜交给分统吴兆有、同知袁世凯统统御，很明显这就是李鸿章有意削弱吴长庆的兵权。
按理说吴长庆应该拒绝，但是他同意了，因为兵马交给袁世凯他是放心的，毕竟袁世凯和他家是世交，哪晓得袁世凯野心勃勃，早就想取而代之，暗地里早就投靠了李鸿章。
