侯君集得到李世民赏识后，他得以参与策划了许多事务，更是被封为左虞候、车骑将军。唐武德九年，李世民和李建成之间的矛盾日渐激化，侯君集自然是成为李世民的左膀右臂。
当时李建成妄想拉拢尉迟恭，却遭到尉迟恭的拒绝。这时尉迟恭和侯君集就鼓动李世民，趁早和李建成撕破脸皮，更是直接参与了玄武门事变。
在玄武门事变中，侯君集带着军队控制了唐高祖和朝臣，李建成和李元吉两人遭到诛杀。李世民即位之后，侯君集作为大功臣，自然受到重用，他被封为左卫将军、潞国公，赐邑千户，迁右卫大将军。
侯君集在长达十几年时间，其家族都受到李世民的重用。侯君集也比较争气，他先是跟随李靖征讨吐谷浑伏允。在这次征战中，侯君集立下了不小的功劳，回去后就得到嘉奖。
