惟庸被处死后，案子未结，专案组继续搜集罪证。十年后，才认定大明开国元勋、时年77岁的李善长是这起谋反案的主犯。李善长遭处死，案才告结。
期间，凡是朱元璋欲剪除的文武大臣，一个个被牵涉到案之中，成为“党”骨干。那早成鬼魂的惟庸之罪名，从起先的谋反变成私通日本、蒙古及串通李善长谋反等，牵涉面也越来越广。一旦认定涉及案者，一概予以灭族，前后累计屠杀三万多人，可谓血流成河。
案告结不足三年，又引出大将蓝玉谋反案。蓝玉本系常遇春麾下一员猛将，封凉国公。徐达、常遇春死后继任大将，手下聚集一批能征善战的骁将，由此亦成朱元璋的心腹大患。洪武二十六年，朱元璋的特务组织锦衣卫密告蓝玉伙同景川侯曹震等企图谋反，朱元璋伺机将蓝玉一干人等捉拿审讯，结果遭株连被屠杀者多达一万五千多人。吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文、开国公常升、都督黄辂、汤泉等一批高官，皆枉死于蓝案。
